Majelis Wali Amanat adalah organ USU yang menyusun dan menetapkan kebijakan umum USU. Majelis Wali Amanat (MWA) beranggotakan 21 orang yang mewakili unsur Menteri, Rektor, Senat Akademik (SA), dan masyarakat. Anggota MWA diangkat dan diberhentikan oleh Menteri setelah menerima usulan dari SA. Anggota MWA diangkat untuk masa jabatan 5 tahun dan dapat dipilih kembali untuk 1 kali masa jabatan. Organisasi MWA terdiri dari Ketua merangkap anggota, Sekretaris merangkap anggota, dan Anggota.